新宿3丁目で飲むことが多いのですが、メシは多いけど落ち着いて深夜まで飲める店は意外とないなぁ。僕が知らないだけ？

お酒飲めていいなー！

バーとか、結構ありそうぺこけど、騒がしいぺこかな。

バル リミテ （BAR LIMITE） - 新宿三丁目/ワインバー [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1304/A130401/13131804/

こちらのワインバーは深夜3時まで営業しております✴︎ワインだけでなく他のお料理や飲み物もありますのでのんびり飲めますよー

どん底(新宿三丁目/ダイニングバー) - Retty
http://retty.me/area/PRE13/ARE1/SUB104/100000001571/

24:30までやってるこちらはどうでしょうか。
著名人に愛されたお店で有名です。
雰囲気のある店内でしっぽり飲むのもいいですよ。

鳥田むら本店 （とりたむらほんてん） - 新宿三丁目/焼鳥 [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1304/A130401/13000965/
焼き鳥とかであればこちらが同じ3時ぐらいまでやってます。12時からでも入れますよ！

バー アッコラ （BAR ACCOLA） - 新宿三丁目/バー [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1304/A130401/13170932/

朝5時まであいている、落ち着いたバー。
こっちもありかなーと思いますが、雰囲気が気に入ればぜひ。

王様のキッチンはいかがですか？
個室で宴会・しゃぶしゃぶ！ 個室ダイニング 王様のキッチン 新宿3丁目店 個室・宴会・記念日・夜景
http://r.gnavi.co.jp/e849967/?sc_cid=kpo_ai
5時までやってます。

マルゴー （MARUGO） - 新宿三丁目/ワインバー [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1304/A130401/13019866/
定番ですが、マルゴとかどうですか？