本郷三丁目駅周辺でソファ席のある長時間（３時間くらい）いても苦にならないカフェを探しています。 どこかいいとこありませんか？

廚菓子くろぎ （クリヤカシクロギ） - 本郷三丁目/和菓子 [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1310/A131004/13167993/
こちらはどうでしょう！
オシャレでまったりにはもってこいです。
ソファー席もあるのでぜひ検討してみてくださいね。

駅から8分くらい歩きますが、金魚坂は雰囲気も良くてオススメです。ゆったりした時間が流れる感じのお店なので、数時間本など読みながらのんびり過ごせますよ。ソファもあります♡
金魚坂 （キンギョザカ） - 本郷三丁目/喫茶店 [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1310/A131004/13003539/

名曲・珈琲 麦 （メイキョクコーヒー ムギ） - 本郷三丁目/喫茶店 [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1310/A131004/13018618/
昔ながらの喫茶店のような雰囲気のようなお店です。レトロな雰囲気に浸りつつソファでゆっくりされてみてはいかがでしょう？

名曲・珈琲 麦 （メイキョクコーヒー ムギ） - 本郷三丁目/喫茶店 [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1310/A131004/13018618/
ソファ席の珈琲店です。
いかがでしょうか？

上島珈琲店 本郷三丁目店（うえしまこーひーてん） 本郷三丁目/カフェ - Retty
http://retty.me/area/PRE13/ARE6/SUB601/100000709085/
ゆっくりとした時間を過ごせると思います！

駅から東大の間にあるカフェです。ソファ席ではゆったりすごせます。ケーキ類はボリュームがあるので、オススメです！

ニッキカフェ （NIKKI Cafe） - 本郷三丁目/カフェ [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1310/A131004/13126769/

カフェラウンジ　ボンアート （【旧店名】Cafe&Gallery ボン・アート） - 本郷三丁目/イタリアン [食べログ]
http://s.tabelog.com/tokyo/A1310/A131004/13050829/?lid=header_restaurant_detail_party_lst
生ピアノを聴きながら広々した店内でくつろげるカフェバーはどうでしょうか。ちょっと贅沢な時間を過ごせますよ★

のっちん、大人気ぺこなー！